首先，需要明确的是无论是对胎儿还是孕妇，药物的副作用都是不可忽视的。因此，在孕期最好不要轻易使用药物，特别是在前三个月的早期孕期，因为在这个时候，胎儿的器官正在发育，任何药物的副作用都可能会对其产生影响。
然而，如果孕妇患有需要用药治疗的疾病，医生会根据疾病的严重程度和药物的安全性给予相应的建议。以下是一些预防胎儿畸形的药物：
1. 叶酸：叶酸是预防神经管缺陷的首选药物，孕妇应该在备孕期和孕早期就开始补充。合适的叶酸剂量是每天400-800微克。叶酸可以通过食物（如绿叶蔬菜、全麦面包、肝脏等）和叶酸补充剂获得。
2. 维生素B6：维生素B6可以减轻孕吐的症状，并且有助于维持神经系统的正常功能。
3. 镁：缺乏镁会增加难产、早产、胎位不正等产科并发症的风险。孕妇每天需要800-1000毫克的镁。
4. 钙：孕妇每天需要1000-1300毫克的钙，可以通过摄入奶制品、豆类、绿叶蔬菜等食物获得。在钙缺乏时，会增加产妇高血压和子痫前期的风险，可能会导致胎儿的神经管缺陷。
5. 抗抑郁药物：孕期患上抑郁症的妇女可以通过抗抑郁药物缓解症状。但是，应该注意，孕妇在使用抗抑郁药物前应该咨询医生，并且使用药物之前应该进行全面的风险评估。目前已知SSRI类抗抑郁药物在孕早期使用可能会增加胎儿畸形和自闭症的风险。
总之，孕妇在用药前应该咨询医生，并遵循医生指导的用药规定。此外，坚持饮食健康、合理搭配的原则，注意营养均衡，合理补充必要的维生素、矿物质等营养素也是预防胎儿畸形的重要措施。
