夫妻的基因组成不同，若两人携带的基因有不同的表现型，他们的后代可能会产生不同的遗传疾病或者致命畸形。但是并不是所有夫妻基因不合胎儿就会畸形。首先，夫妻基因不合本身不是疾病，只有它影响了某个基因表达，才可能导致遗传疾病或者畸形。其次，遗传疾病和致命畸形是由很多因素综合作用所致，夫妻基因不合只是其中一个因素。
对于许多遗传疾病，只有当两个基因都出现缺陷时，才会表现出来。如果夫妻一方携带了遗传缺陷，而另一方未携带，则子代不会表现出遗传缺陷。然而，如果两个夫妇都是基因携带者，则他们有很大的概率把遗传缺陷传给孩子。以自闭症为例，如果父母中任何一方都是自闭症的携带者，则有可能在子女中表现出来。此外，像唐氏综合征这样的染色体遗传疾病与基因携带无关，通常是由于染色体数目异常导致的。
除此之外，环境因素也可能导致遗传疾病或畸形，如受到放射线等不良环境因素的影响。 因此，只要保证孕妇的环境健康、生活方式健康以及在怀孕初期进行全面而科学的产前筛查和基因检测，即可大大降低因夫妻基因不合而引起的胎儿畸形的风险。
