在胎儿孕晚期，医生可以通过多种检查手段来发现一些畸形，包括：
1. B超检查：B超是目前最常用的检查手段之一，通过超声波来观察胎儿的发育情况。在孕晚期，可以通过B超来检测胎儿的心脏、肺部、腹部、脑部等各种器官发育情况，发现一些明显的畸形问题。
2. 羊水穿刺检查：羊水穿刺是一种通过穿刺子宫壁，直接取出羊水来进行检查的方法。这种方法可以在孕晚期对胎儿进行染色体畸形、代谢性疾病等方面的检测。
3. 无创产前基因检测：这种检测方法无需取胎儿组织，只需采集孕妇血液检测，可以准确检测染色体畸形、单基因病、性别等信息。但是需要注意的是，无创产前基因检测有一定的假阳性率与假阴性率。
4. 眼球观察：部分畸形可能通过观察胎儿的眼睛来进行初步推断。例如，虹膜缺损等情况都可通过眼球观察来发现。
总之，在胎儿孕晚期，各种检测手段的结合使用可以较为准确地发现胎儿的畸形问题，但也需要注意，这些检测手段并不是100%准确，产妇需要仔细考虑，选择适合自己的检测方案。
