早期怀孕检查胎儿是否存在畸形有以下几种方法：
1. 超声检查
超声检查是比较常用而且比较准确的一种方法。可以在怀孕7~14周通过输尿管插入探头检查出比较明显的畸形，如脑部和脊椎的畸形等。可以在怀孕20周左右进行常规的四维超声检查，检测胎儿是否存在先天畸形。如果有高危因素，如35岁以上、孕前有患病史或家族遗传病史等，则可在怀孕11~14周进行NT（颈部透明带）超声检查或血清学筛查（PAPP-A和β-HCG）高风险孕妇，进一步确诊。
2. 羊水穿刺
羊水穿刺是对胎儿进行核型分析的一种方法，可以在怀孕16~18周左右通过穿刺羊水来获得胎儿细胞，再通过核型分析检测胎儿是否存在染色体异常导致的畸形。
3. 绒毛活检
绒毛活检是通过穿刺宫颈和子宫颈口，取出一部分绒毛组织进行细胞学，可以在怀孕6~8周左右检测出胎儿是否存在染色体异常导致的畸形。
4. 常规产前检查
产前检查是一种非特异性检查，包括产前检查、产检等，查看胎儿的生长发育情况，并排除可能的胎儿畸形。需要定期进行，包括孕前检查、产检、超声检查、血常规等。对于出现异常情况例如超过预产期或胎动不安等必须及时进行产前检查。
需要注意的是，任何一次产前检查都不能替代全部的检查，因为每种检查都存在误差，需要综合协调使用，早期出现畸形的时候，很难处理，所以尽早发现和保护孕妇可以降低胎儿出现畸形的概率。如果孕期出现异常反应或胎动变化，应及时就医，做好胎儿监护工作。
