在孕39周的胎儿B超检查中，医生可以通过查看胎儿的生殖器官来确定胎儿的性别。具体方法是通过B超仪器将声波沿着母体腹壁传入子宫，然后反射回B超仪器的信号会被转化成图像，医生就可以在屏幕上看到胎儿的生殖器官。
通常来说，在孕39周的胎儿B超检查中，胎儿的阴部已经足够明显，医生可以在屏幕上看到男婴的阴茎或女婴的阴道。一旦医生观察到胎儿的生殖器官，就可以判定胎儿的性别。在医生确定胎儿性别的同时，也可以检查胎儿的健康情况，包括头围、体重、体长、心脏和肺部的状况等等。
值得注意的是，B超检查并不绝对准确，有时医生可能会看错性别。此外，根据一些医学专家的观察，孕期到了39周以后，女性胎儿的生殖器官比男性胎儿的生殖器官更容易被混淆。因此，如果您对胎儿的性别非常关注，建议在孕期早期进行B超检查，以获得更加准确的结果。
