人类胚胎在受精后，大约在10-14天时会形成一个叫做“囊胚”的结构。而在第7周后，胚胎就已经形成了性腺，从而能够分化成男性和女性生殖系统。因为每个人的基因组中都含有一条X染色体，而男性就多了一条Y染色体，因此男性和女性之间的生殖差异是由正常的染色体组成差异所导致的。当出现Y染色体时，身体就会发育为男性，在没有出现Y染色体时，身体就会发育为女性。
胎儿的性别是在受精卵被受精后就已经固定的。在受精卵初期，还不能确定是男孩还是女孩，但在受精卵分裂几次后，胚胎会形成一对性染色体。在受精卵分裂初期，由于X染色体体积较大，因此在精子与卵子的结合中，女性个体的X染色体便占据了主导地位，并且在卵子与精子的结合完成后，性别也被决定下来。 如果卵子和精子携带两个是女性配对的X染色体，则受精卵就会成为女性；如果卵子和精子分别携带X和Y染色体，则受精卵就会成为男性。这个过程是由父亲的精子决定的。
此外，大多数情况下胎儿的性别并不是人类遗传物质的完全掌控结果。有时候，不同的因素也会影响到胎儿性别的形成，如根据母体内部环境的变化而改变性别。但影响胎儿性别的主导因素也仍旧以基因型为主。总之，胎儿的性别是由基因组决定的，而这个过程是一个相对复杂而灵活的过程。
