胎儿畸形与遗传有密切关系。遗传是指父代对后代遗传信息的传递，在人类群体中，遗传信息可能源于单基因障碍，染色体异常，家族性遗传以及多因素遗传等多种因素。这些基因异常、染色体异常等遗传问题可能会导致胚胎发育异常，从而引发胎儿畸形。
单基因障碍可能导致某种特定畸形的出现，例如自闭症、脊髓裂等。这些障碍是由某个点突变造成的，只影响一个基因的表达。而染色体异常则可能涉及一个或多个染色体，由于染色体异常会改变基因的数量或结构，从而影响胚胎的正常发育。
家族性遗传也是致畸胎儿的原因之一。一些畸形有可能是由多种基因的突变所导致的，但遗传是遗传，尽管畸形出现的机率不高，但它们会在同一家庭内传递下去，并再次出现，有些家族中常常会有某种特殊畸形的出现，例如多指、多趾等。
多因素遗传是指既包括遗传因素，又包括其他环境因素的影响。母体在怀孕过程中，受环境因素总体干扰， 如接触有害物质，哺乳缺乏、危机症状、药物副作用等，会给胎儿带来不良的影响，使其容易出现畸形。
结合上述各种遗传因素，胎儿畸形跟遗传关系非常密切。但也有一些畸形与基因无关，如病毒感染、母体饮食、药物滥用等引起的畸形。因此，未来预防胎儿畸形的工作应包括遗传咨询、临床基因治疗以及健康饮食和环境预防等方面的综合干预措施。
