如果在孕期第36周发现胎儿有畸形，则需要妊娠高风险医学科医生进行全面评估和处理。具体方法如下：
1. 确定畸形类型
胎儿畸形有很多种类型，包括器官发育不全、脊柱裂、先天性心脏病、唇裂腭裂等等。医生需要先确定畸形类型，才能制定正确的治疗方案。
2. 排查是否有其它问题
胎儿畸形出现的原因很多，可能是染色体异常、母体感染、药物或毒物暴露等等。因此，在确定畸形类型后，医生还需要进行一系列检查，以确定是否有其它相关问题。
3. 咨询遗传学医生
如果是因为染色体异常导致胎儿畸形，医生需要咨询遗传学医生。遗传学医生可以根据家族病史和医学检查等信息，评估孕妇是否存在携带遗传病的风险，以及胚胎是否存在染色体异常。
4. 制定治疗方案
针对不同类型的胎儿畸形，医生会制定不同的治疗方案。比如，先天性心脏病需要手术治疗，而脊柱裂则需要手术进行修复。对于无法治愈的畸形，医生会建议产妇选择人工流产。
5. 产后恢复和后续随访
如果孕妇选择顺产生产，医生会在分娩时给予特别关注和护理。产后，医生会根据新生儿情况制定进一步治疗计划，并进行后续随访，确保新生儿健康。需要注意，胎儿畸形的治疗和恢复过程漫长而复杂，需要孕妇和家人的耐心和配合。
