胎儿结构畸形是指胎儿器官或身体部分发育异常或缺陷，可以是基因、环境等原因引起的。胎儿结构畸形发生的时间取决于引起畸形的原因和畸形的类型。在自然分娩中，孕期16至20周是胎儿畸形检测的关键时期。而在辅助生殖技术下受孕的胎儿，在早期也需要进行胎儿畸形筛查。
在孕期前12周，受精卵分裂形成胚胎后，胎儿器官开始形成，此时绝大多数先天性畸形的基础已经存在了。在孕期前12周，胚胎处于胚胎时期，器官也正在形成。如果孕早期受到影响，胚胎器官和组织的形成受到影响，畸形就可能在这个时期形成。
然而，一些畸形是在后期形成的。例如，神经管缺陷是在胚胎时期完全发生的，但先天性心脏病可以在胚胎发育完成后的几个星期内形成。胎儿的器官发育过程相互连续，相互关联，所以，胎儿的畸形不是单个器官的问题，而是胎儿发育过程的整体表现。
总之，胎儿结构畸形的形成与性质十分复杂，活体胎儿无法进行检查以及测试，加之畸形的种类繁多，因此，孕期每一个阶段都需要进行不间断的监测，以及在诊断时综合各个因素进行分析。这样才能及早识别和及时治疗胎儿畸形，减少对胎儿的伤害。
