基因不和胎儿会畸形的情况是存在的，这是由于胚胎期的基因突变、染色体畸变等因素导致的。当父母的基因发生不和时，如果其中一个基因发生变异，而另一个基因和其无法配对，也就是说存在杂合不配的情况，那么就可能出现孟德尔遗传规律中的隐形遗传。
隐性遗传的出现会导致孩子的一些遗传疾病，就像先天性耳聋、先天性心脏病、先天性癫痫等等。有些疾病是无法在怀孕期间及时检测出来的，可能到孩子出生后才能发现，甚至直到孩子长大后才能发现。
此外，一些常染色体显性遗传也会导致胎儿畸形，如唐氏综合症、爱德华综合症、帕金森病等，这些疾病与染色体的数量和结构异常有关，并且是由于父母在配子形成过程中染色体出现不同程度的缺失、重复、变异等情况导致的。
因此，孕妇在怀孕期间，如果发现自己或配偶有遗传疾病或者存在家族遗传史，最好在孕育前就进行遗传咨询和基因检测，以减少胚胎出现畸形的风险。在怀孕期间需要注意自身身体健康，避免吸烟、喝酒、接触有毒有害物质等行为，避免遗传疾病的发生。同时，定期进行产前检查和体检，将孕期监测做好，能够及早地发现和干预异常情况。
