在胚胎发育的早期阶段，也就是受精卵进入宫腔之后的第一周，胚胎并没有性别的差异。随着胚胎的发育，大约在第6周左右，由于性染色体的差异，胚胎才开始分化出雄性或雌性性别。
在胚胎发育的第5周到第6周，性腺的原型即性腺肾形成，而这时性别的决定也要靠性染色体。人类共有46对染色体，其中最后一对为性染色体。每个正常的男性都有一个X和一个Y染色体，而每个正常的女性都有两个X染色体。如果在受精卵中，精子带有Y染色体与卵子结合形成的会是男性，如果精子带有X染色体与卵子结合，就变成女性。
因此，在三个月的胎儿中，已经可以分出是男性还是女性。在B超检查中，医生可以通过检查胎儿的生殖器官来判断出男女的性别。如果检查时胎儿的生殖器官充血度明显高于其他组织，出现阴茎，睾丸等男生殖器官，则说明胎儿性别为男性。反之则为女性。
值得注意的是，在B超前期，胎儿的生殖器官发育还比较不成熟，分辨男女的难度较大，如果需要明确的判定胎儿性别，最好在胎儿发育到20周左右，或更长时间之后进行B超检查。
总之，从胚胎发育的进程来看，三个月左右的胎儿是有性别区分的，但有些情况下可能还需要进一步的检查和确认。
