胎儿阴茎短小并不一定算作畸形儿，因为生殖器官的大小和发育程度是受多种因素影响的。胎儿生殖器官的发育受到遗传、内分泌、环境等因素的影响，其中男性荷尔蒙的作用尤为重要。因此，在胎儿期和新生儿期，阴茎大小可能有所差异，但这并不意味着出现了畸形。
在胎儿发育过程中，阴茎的大小和形态会随着时期不同而有所变化。在受孕前8周内的发育阶段，胚胎的生殖器官尚未发育成具体的形态，此时无法看到阴茎的形态。在受孕后的第9周，胎儿的性别已经明确，阴茎开始发育，但此时阴茎往往只有1~2毫米的长度。到了第12周，阴茎的长度可达3~4毫米。此后的发育过程中，阴茎会继续增长和成熟。
因此，在胎儿期，阴茎的大小和形态并不能作为判断畸形的标准。除非检查出明显的生殖器官异常，如阴茎下垂、分裂等，否则应该不要轻易地将阴茎短小归类为畸形。更重要的是，要仔细观察胎儿其它器官的发育状况，排除其他畸形的可能性。
当然，在出生后，如果宝宝阴茎的大小仍然偏小，或者出现与阴茎大小相关的其他异常表现，如尿道下裂，需要及时就医进行诊断和治疗。因为一些疾病和异常，如睾丸和阴茎发育不全、睾丸阴茎先天缺陷综合征等，也会引起阴茎大小偏小的现象。这些疾病和症状需要及早诊断和治疗，以免对宝宝的身体健康产生不良影响。
