在正常情况下，孕3个多月的胎儿已经形成了胚胎期，大多数重要的器官和结构均已发育完毕，畸形的风险相对较低。但是，孕早期的一些疾病或生活习惯（例如吸烟、喝酒、使用药物等）可能会导致胎儿畸形的风险增加。同时，一些基因和遗传因素也可能会导致胎儿畸形。
在孕早期，几乎所有的器官和组织都在发育阶段，所以如果存在某些疾病，它们可能会影响胎儿的正常发育。例如，感染性疾病（如风疹、巨细胞病毒、单纯疱疹等）都可以影响宝宝的神经系统和器官，导致畸形的出现。此外，毒品、吸烟、酗酒等妊娠期不良习惯也可能对胎儿产生不良影响。
不过，大多数胎儿畸形的风险会在怀孕早期逐渐降低，孕16周以后，胎儿大多数器官均已形成和发育完毕，未来畸形的风险也会逐渐降低。
总之，孕3个多月的胎儿畸形的风险并不是很高，但是准妈妈们应该保持健康的生活习惯，尽可能避免疾病和感染，掌握孕期营养和运动的科学知识，以提高胎儿健康的保障。在怀孕期间，及时进行孕检和检查，以及明确遗传咨询和遗传风险的情况也非常重要。
