在怀孕两个月的时候，一般是可以进行有关胎儿畸形的检查的。
首先，医生可以通过超声波检查来探测胎儿的正常生长，确保胎儿的发育处于正常水平。这样可以帮助医生排除胎儿畸形的风险，并及时诊断出一些可能引起异常的情况，如动脉导管未闭等问题。
此外，医生可以通过羊膜穿刺或非侵入性产前检查来确认有关胎儿畸形的疑虑。羊膜穿刺是一种通过刺破羊膜，取羊水进行胎儿基因诊断的方法，对筛查某些遗传性疾病和染色体异常具有非常大的帮助。而非侵入性产前检查则包括了血液测试、B超、唐氏综合症筛查等，这些检查不会威胁胎儿安全，但是检查结果的准确率较低，仅仅可以对胎儿的健康状况有一个大致的了解。
需要注意的是，在怀孕前三个月内进行有关胎儿畸形的检查并不是一件轻松的事情，这些检查可能会对胎儿的发育产生一些影响，甚至会导致流产等不良后果。因此，在进行这些检查时，一定要选择有经验的医生进行操作，并严格遵守操作规范和注意事项。
最后，建议广大准妈妈在怀孕前三个月内积极参加孕前保健，坚持营养均衡、合理的饮食，保持优良的生活习惯，从根本上预防胎儿畸形。
