胎儿畸形能自然流产，但并非所有胎儿畸形都会自然流产。
在人类胚胎的发育过程中，胚胎发育异常或遭受损伤时，人体可以自我修复和消除畸形胚胎，导致自然流产。根据统计，约50%-70%的早期自然流产是由于胎儿畸形引起的。而对于发生在妊娠后期的胎儿畸形，情况则较为复杂。
胎儿畸形引发的自然流产发生的原因有许多种，如胎儿染色体异常、胎盘发育异常、外伤、感染等。其中，胎儿染色体异常是导致自然流产的最常见原因之一，研究表明，约50%的早期自然流产是由于胎儿染色体异常所致，而几乎所有早期流产的胚胎中都存在染色体异常。
对于染色体异常的胎儿畸形，人体大多会选择自然流产，因为这种胎儿往往具有严重的组织或器官畸形，无法存活或生活质量极低，导致其母体生命受到威胁。而对于其他原因引起的胎儿畸形，如胎盘发育异常、外伤、感染等，自然流产的发生率相对较低。
值得注意的是，胎儿畸形的自然流产并不总是全面有效或绝对安全的，有时仍会出现流产不完全或难以引起感染的风险，因此建议对这类情况进行医学干预处理。如果发现有胎儿发育异常的迹象，及时就医和进行诊断治疗是非常必要和重要的。
